Student theses

PhD Theses

• 2023/24 – Vladimír Kunc: Gene Expression Inference Using Artificial Neural Networks
• 2021/22 – František Malinka: Semantic Biclustering
• 2008/09 – Filip Karel: Quantitative Association Rule Mining

Diploma Theses

• 2024/25 – David Čech: Rationalization of Hospital Imaging Examinations Using Machine Learning
• 2024/25 – Jan Lubojacký: Graph Neural Networks for Identification of Robust Biomarkers from Multi-Omics Data
• 2023/24 – Matouš Soldát: Protein engineering with large language models (Dean’s Award)
• 2023/24 – Lucie Muhlfeitová: Automated annotation of non-coding RNAs
• 2023/24 – Barbora Mašková: Explainable and transferable fungal intron models
• 2022/23 – Alikhan Anuarbekov: Inference of interaction networks from multi-omics data using Bayesian networks
• 2020/21 – Martin Indra: Automatic Intron Detection in Metagenomes Using Neural Networks
• 2019/20 – Evžen Šírek: Robust cell subsets decomposition from tissue expression profiles for biomarker identification
• 2018/19 – Denis Baručić: Automatic intron detection in fungal genomes using machine learning
• 2018/19 – Marek Hrvol: Efficient similarity calculation for RNA secondary structures
• 2018/19 – Anh Vu Le: Secondary structure search in primary nucleic acid structures (Dean’s Award)
• 2018/19 – Marek Zvara: Automatic intron detection in fungal genomes using probabilistic models
• 2015/16 – Filip Mihalovič: Distributed cloud-based approaches to the genomic data analysis
• 2014/15 – Sebastian Skoupý: Knowledge discovery in large temporal data
• 2014/15 – Mukhiddin Yusupov: Utilization of methylation data in phenotype molecular models
• 2013/14 – Valentin Gologuzov: miXGENE – a web tool for integrative analysis of genomic data
• 2012/13 – Jan Zahálka: mRNA and miRNA Data Integration for Accurate Molecular Classification
• 2011/12 – Michael Anděl: Feature Extraction for Gene Expression Data Analysis
• 2010/11 – Hynek Urban: Bayesian Haplotype Frequency Prediction (Dean’s Award)
• 2010/11 – Petr Janský: Working flexizone utilization prediction
• 2009/10 – Přemysl Vítovec: Gene Interaction Extraction from Biomedical Texts
• 2007/08 – Miloš Krejník: Předzpracování a klasifikace genomických dat
• 2005/06 – David Kaisner: Dolování biomedicínských dat
• 2005/06 – Tomáš Holas: Vyhledávání přibližných závislostí v relačních datech
• 2005/06 – Petr Buryan: Predikce časových řad – statistické metody a strojové učení (RWE Transgas Award)
• 2004/05 – Martin Vejmelka: Problém predikce epileptických záchvatů z EEG záznamů (Dean’s Award)
• 2004/05 – Filip Karel: Ordinální asociační pravidla (Dean’s Award)
• 2003/04 – Václav Bláha: Metody strojového učení ve zpracování lékařských dat
• 2002/03 – Marcel Kičmer: Dobývání znalostí z lékařských dat
• 2002/03 – Roman Bošek: Využití metod strojového učení v prediktivních úlohách

Bachelor Theses

• 2024/25 – Aghasif Rzayev: Identification of donor kidney quality transcriptomic markers
• 2024/25 – Karolína Orendáčová: Automated Protein Annotation with Integration of Gene Ontology Inter-Relationships
• 2021/22 – Martin Miadok: Hierarchical multi-label classification for automated protein function prediction
• 2020/21 – Karina Balagazova: Adjustment for the confounding factor influence in the RNASeq data classification
• 2017/18 – Petr Kubelka: Semantic Biclustering Optimization
• 2016/17 – Tomáš Kala: Event detection from text data (Dean’s Award)
• 2014/15 – Filip Masri: Feature network regularized SVM omics classifier
• 2014/15 – Vladimír Kunc: Increasing weak classifier diversity in ensemble models by feature graphs (Dean’s Award)
• 2012/13 – Filip Mihalovič: Analysis and sequential mining of logistic data
• 2009/10 – Libor Bukata: Deskripce a klasifikace vícerozměrných časových řad
• 2009/10 – Jakub Bureš: Moduly v metabolických a signálních drahách
• 2009/10 – Jan Motl: Znalostní molekulární klasifikátory
• 2008/09 – Hynek Urban: Knowledge-Oriented Genomic Probeset Consolidation
• 2008/09 – Tomáš Sixta: Knowledge-Oriented Gene Expression Data Processing
• 2007/08 – Tomáš Bílek: Predikce časové řady inteligentním adaptivním systémem
• 2006/07 – Michal Trna: Klasifikace s apriorní znalostí